1991. - 2000.

Domovinski rat 1991.-1995. omeo je nakratko aktivnost, vremenski skratio natjecanje i, posve razumljivo, zasjenio športska borilišta, zamjenjujućiih onim ratnima. Klanjci, kao da su neuništivi i opet se vraćaju u trećeligašku konkurenciju
U ljeto 1993, Milan Zeželj vratio se iz Australije, nakon trogodišnje pečalbe. U furioznom stilu okončao je jesen, ostvarivši u prvih 10 kola svih 10 pobjeda! 0:1 poraz u Dražicama protiv "Rječine", rezultat je sudačkog inata Delničanina Štimca i teško razumljivog nastojanja da se prekine neponovljiva serija Klanjaca. Najboljem klanjskom igraču Predragu Valenčiću poništen je potpuno regularan zgoditak u 43 minuti, domaćini su u nastavku zabili pobjednički gol.
Premda je zbog zaoštrenih međuljudskih odnosa narušena kohezija momčadi, Klanjci su u nastavku sačuvali prednost i prvi presjekli ciljnu vrpcu, ali su vizu za viši rang morali steći u doigravanju. A Klanjci još nikada nisu bili sretni u ruletu "ili - ili". Srećom, suparnik, moravički "Željezničar", skromni sastav i u četvrtoligaškim obzorima, bio je lagan zalogaj za odlučne Klanjce.
Već u prvoj utakmici u Moravicama, Klanjci su uvjerljivom pobjedom 4:1 osigurali promociju i prije uzvrata. 20 lipnja 1994. Klanjci su slavili i na "Grašćini" (5:1) i službeno postali članovi III Hrvatske nogometne lige (zapad).
Momčad, koja će bilježiti nekoliko uspješnih sezona u trećeligaškoj, pa čak i drugoligaškoj konkurenciji, predvodio je Predrag Valenčić, bivši profesionalac "Rijeke", najbolji nogometaš, kojeg je "Klana" ikada imala Uz njega, izvrsni brat blizanac Ivica, uz Bradizzu najbolji klupski strijelac svih vremena, Joža Medvedić, ponajbolji klanjski igrač uopće, Valter Laginja, Ranko Brinalj, Albert Mrvčić, Siniša Delibegović, prava pojačanja Nenad Krivokuća, Petar Radaković, Siniša Brkljača, Nenad Damjanović i Dragan Šimić i daroviti Neven Gržinčić, Predrag-Pančo Gojković, Marijan i Tomislav Turina, Sebastijan Mrvčić, Nebojša Vučković i drugi.

KLANJCI DRUGOLIGAŠI!

U sezoni 1996./97. Klanjci su promovirani u drugoligaša! Reorganizacijom natjecanja osnovano je, uz A i B i ligu, pet drugih liga, a Klanjci su ušli u II HNL (zapad), zapravo po kakvoći dotadašnju treću ligu. Bilo kako bilo, Klanjci su ovim administrativnim napredovanjem ostvarili najveći natjecateljski domet u povijesti kluba!
Za Klanjce su tada igrali Pugelj, Milić, Vučković, Sergo, Albert Mrvčić, Radaković, Robert Žiković, Režić, Ropac, Joža Medvedić, Matahlija, Latinčić, Šimić, Božičić, Trbojević, Hamidović, Jelovica, Milković, Stevanović, Dautović, Neven i Vjeko Gržinčić, Šušnjar, Dejvid Gauš, i ponajbolji riječki nogometaš svih vremena, Damir Desnica, koji je, iako na pragu četrdesete, odsvirao nekoliko sjajnih partitura na svojem savršenom nogometnom instrumentu, podsjetivši u nekoliko navrata na svoje najbolje dane, na veliko oduševljenje klanjskog nogometnog puka.
Nažalost, Klanjci su u ljeto 1997. godine, zbog nepremostivih financijskih teškoća, odustali od daljnjeg natjecanja u II HNL (zapad) i spustili se rang niže. Momčad je znatno izmijenjena, igra s promjenjivim uspjehom, a novi igrači su vratar Novaković, Sekulić, Pejčić, Žunić, dojučerašnji juniori Miloš Raspor-Sapov, Ćuto, Svetislav Predović, Božidar Laginja, a na vrata prve momčadi kucaju vec i darovita braća Dražen i Marin Jakšetić te Hrvoje Sanković.